En syv år gammel gutt forsvinner sporløst fra en T-banestasjon i Stockholm. Over førti år senere forsvinner broren hans også.

Stockholm, sommeren 1970. Jan Klingberg er på vei hjem fra en barnebursdag med sine to små sønner. Kristoffer, som er syv år, forsvinner fra T-banestasjonen. Det siste faren ser av sin sønn, er en kvinne som tar ham i hånden og går derfra.

Over førti år senere forsvinner Kristoffers bror, Joel, sporløst. Forsvinningen er et mysterium. Joels kone henvender seg til Danny Katz for hjelp. Hun har aldri møtt ham før, men hennes mann hadde snakket varmt om ham siden de ble venner i militæret. Katz finner forespørselen merkelig, men går motvillig med på å hjelpe. Han skjønner raskt at det finnes mange hemmeligheter i den mektige Klingberg-familien.

Skyggegutten er en intrikat krim som utspiller seg i Stockholm, og et besettende familiedrama med røtter til Karibien. Boken er en reise inn i menneskenes dypeste mørke, der fedrenes synder får konsekvenser for kommende generasjoner. Med Skyggegutten innleder Carl-Johan Vallgren en serie noir-krim med Danny Katz i hovedrollen.